14 декабря 1908 года храм Святителя Николая (Николаевская церковь), созданный по проекту архитектора С.К.Тропаревского, был освящен архиерейским служением. Исполнителем технических проектов и руководителем церковно-строительных работ был архитектор А.П.Зенков.
Вскоре после освящения Никольского храма из Свято-Пантелеимонова монастыря на Афоне была доставлена частица святых мощей Великомученика Пантелеимона, которая и по сегодняшний день бережно хранится на Престол, посвященном этому святому страстотерпцу Христову. Примерно в это же время из Киева была доставлена частица святых мощей Великомученицы Варвары. Ларец с частицей ее святых мощей так же, как и прежде, находится на Престоле, посвященном святой Великомученице. В 1993 году Высокопреосвященнейший Архиепископ Алматинский и Семипалатинский Алексий (Кутепов) даровал храму дивную икону Святителя Николая, Архиепископа Мир Ликийского, с частицей его святых мощей. С 1936 по 1945 годы Никольская церковь, как и все другие храмы города, была закрыта безбожной властью. 5 июля 1945г. постановлением Священного Синода была образована упраздненная в 1936г. Алматинская и Казахстанская епархия, управляющим которой назначен освободившийся из ссылки Архиепископ Николай (Могилевский) (На юбилейном архиерейском Соборе 2000г. митрополит Николай причислен к лику святых для общецерковного прославления). С 1946 г. в храме ежедневно проводятся богослужения. Сейчас настоятелем Никольского собора является протоиерей Валерий Захаров.