Согласно надписи над входом в мечеть, ее основал в 1759 г. Мустафа Ага Цисдаракис, представитель Османской Империи в Афинах. Как говорит легенда, при постройке мечети была сожжена колонна из Олимпейона для получения достаточного количества извести.
Позднее мечеть была известна также под именами «Мечеть нижнего фонтана» из-за фонтана, который был внутри здания, «Мечеть нижнего рынка» и «Мечеть на площади Монастираки».
После свержения османского владычества, минарет мечети был разрушен. С основанием греческого государства, когда все турецкие общественные здания использовались государством, мечеть отдали армии.
В 1843 г. здесь располагалось караульное помещение, позже тюрьма, военный лагерь и склад. Мечеть была восстановлена до текущего состояния Анастассиосом Орландосом в 1915 г. Спустя три года, в здании расположился Музей греческого ремесла, который в 1923 г. был преобразован в Национальный музей декоративного искусства. И наконец в 1959 г. он получил имя — Музей греческого народного искусства.
В 1973 г. музей был перенесен в другое место и мечеть использовалась как вспомогательное здание, в котором с 1975 г. находилась выставка коллекций керамики. Разрушительное землетрясение 1981 г. причинило мечети серьезные повреждения.
В 1991 г., после ремонта, мечеть вновь служила как отдел музея и коллекция керамики была улучшена экземплярами из Центра изучения национального гончарного мастерства.